PACE gibi allel özgül PCR yöntemleri yüksek sayıda örneği görece düşük birim maliyetle tarama vaadi taşır. Fakat yatırım kararı 'reaksiyon başına fiyat' üzerinden verilirse en pahalı kalemler görünmez kalır. Benim tezim, belirteç ekonomisinin numune toplamadan seçim kararına kadar toplam maliyet ve yanlış eleme riski üzerinden hesaplanması gerektiğidir.
Ucuz reaksiyon pahalı hata üretebilir
Yaprak örneğinin yanlış etikete bağlanması, düşük DNA kalitesi, belirsiz kümeler ve tekrar koşuları sarf tasarrufunu hızla silebilir. Daha önemlisi, yanlış pozitif bir çağrı zayıf hattı yıllarca denemede tutarken yanlış negatif umut verici materyali programdan çıkarabilir.
Çok lokasyonlu arpa çalışmasının gösterdiği yaklaşım, laboratuvar çağrısını saha fenotipiyle sınamaktır. Bu doğrulama masraf değildir demiyorum; tam tersine, ucuz testin ekonomik değer kazanması için gerekli yatırımdır.
Bütçenin görünmeyen satırları
Numune toplama, kurutma veya soğuk zincir, DNA hazırlama, laboratuvar işçiliği, kontrol örnekleri, veri temizliği, tekrarlar, saha parselleri ve istatistiksel analiz ayrı ayrı bütçelenmelidir. OECD tohum çerçevelerinin vurguladığı çeşit kimliği ve sertifikasyon disiplini de genotipleme sonucunun ticari tohum zinciriyle karıştırılmaması gerektiğini hatırlatır.
Karşı görüş, belirtecin tarla sayısını azaltarak zaten kendini ödeyeceğidir. Ödeyebilir; ancak azaltılan parsel sayısı, kısalan yıl ve korunan seçim doğruluğu ölçülmeden bu yalnız hedeftir. Hesaplama, geliştiricinin vaat ettiği kapasite değil, pilotta gerçekleşen iş akışı üzerinden yapılmalıdır.
Karar başına maliyet
En anlamlı gösterge test başına lira değil, güvenilir seçim kararı başına toplam maliyettir. Belirsiz çağrı oranı, yeniden örnekleme, yanlış sınıflandırma ve fenotip doğrulama gideri bu paydada görünmelidir. Aynı zamanda seçimin programa kazandırdığı süre ayrıca raporlanmalıdır.
Belirteç yatırımının değeri cihazın doluluk oranında değil, daha az saha kaynağıyla daha iyi aday portföyü oluşturmasında yatar. Bu değer, yalnız başarılar değil elenen ve tekrar edilen örnekler de kaydedildiğinde hesaplanabilir.
Temel görüş
Toplam maliyet görülmezse düşük sarf fiyatı, numune hatası ve çok lokasyonlu doğrulama giderini gizleyerek erken ölçekleme kararına yol açabilir.
Türkiye için ne ifade ediyor?
Türkiye'deki ıslah kuruluşları pilot bütçeyi reaksiyon fiyatı yerine güvenilir seçim kararı, kazanılan sezon ve azaltılan tarla parseli üzerinden kurmalıdır.
Başvuru kaynakları
Yazıdaki olgusal çerçeve aşağıdaki kaynaklarla desteklendi; yorumlar köşe yazarına aittir.
